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Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  50 lines
  1. ************************************************
  2. * Glycoprotein hormones alpha chain signatures *
  3. ************************************************
  4.  
  5. Glycoprotein hormones [1,2] (or gonadotropins) are a family of proteins  which
  6. include the mammalian  hormones follitropin (FSH), lutropin (LSH), thyrotropin
  7. (TSH) and chorionic  gonadotropin (CG), as  well as at least two forms of fish
  8. gonadotropins. All these  hormones  consist of two  glycosylated chains (alpha
  9. and beta). In mammalian  gonadotropins,  the  alpha chain  is identical in the
  10. four types of hormones but the beta chains, while homologous, are different.
  11.  
  12. The alpha chains  are  highly  conserved  proteins  of  about  100  amino acid
  13. residues  which  contain ten   conserved cysteines  all  involved in disulfide
  14. bonds [3], as shown in the following schematic representation.
  15.  
  16.                         +---------------------------+
  17.             +----------+|             +-------------|--+
  18.             |        **||***          |             |  |
  19.         xxxxCxCxxxxxxCxCCxxxxxxxxxxxxxCCxxxxxxxxxxCxCxxCx
  20.               |      |                 |         *|******
  21.               +------|-----------------+          |
  22.                      |                            |
  23.                      +----------------------------+
  24.  
  25. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  26. '*': position of the patterns.
  27.  
  28. We have developed two patterns for these hormones. Each of them contains three
  29. of the conserved cysteines.
  30.  
  31. -Consensus pattern: C-x-G-C-C-[FY]-S-R-A-Y-P-T-P
  32.                     [The three C's are involved in disulfide bonds]
  33. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  34. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  35.  
  36. -Consensus pattern: N-H-T-x-C-x-C-x-T-C-x(2)-H-K
  37.                     [The three C's are involved in disulfide bonds]
  38. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  39. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  40.  
  41. -Last update: June 1994 / Text revised.
  42.  
  43. [ 1] Pierce J.G., Parsons T.F.
  44.      Annu. Rev. Biochem. 50:465-495(1981).
  45. [ 2] Stockell Hartree A., Renwick A.G.C.
  46.      Biochem. J. 287:665-679(1992).
  47. [ 3] Lapthorn A.J., Harris D.C., Littlejohn A., Lustbader J.W., Canfield R.E.,
  48.      Machin K.J., Morgan F.J., Isaacs N.W.
  49.      Nature 369:455-461(1994).
  50.